Der PC-Wächter arbeitet nach einem sehr einfachen Prinzip. Bei eingeschaltetem Schutz verhindert er das Überschreiben von Daten auf der Festplatte. Die vorhandenen Informationen sind "eingefroren". Sie können gelesen, aber nicht gändert werden.

Alle Schreib- und Löschbefehle lenkt der PC-Wächter auf freie Bereiche der Festplatte um. Dadurch scheinen Änderung an den Daten doch möglich zu sein. Allerdings kann man zu jedem Zeitpunkt den "eingefrorenen" Grundzustand wieder aufrufen. Diese Zeitpunkte können fest eingestellt oder durch den Nutzer bestimmt werden (siehe Betriebsarten).

Ein einfacher Neustart des Computers genügt, um den Grundzustand ohne merkbare Zeitverzögerung verfügbar zu machen. Diese einfache Handhabung hat wesentlich zur Verbreitung der Protektorkarte im Schulbereich beigetragen.

Die Hardware-Ausführungen des PC-Wächters schützen bereits, bevor das Betriebssystem geladen wird. Sie können auch Änderungen am BIOS rückgängig machen. In der Standardeinstellung verhindert der PC-Wächter den Start von Betriebssystem auf externen Datenträgern.

Automatischer Aufruf des Grundzustandes

Nach jedem Bootvorgang steht der Grundzustand automatisch wieder zur Verfügung.

Manueller Aufruf des Grundzustandes

Der Administrators oder der Nutzer entscheiden über den Zeitpunkt. So kann Software beliebig lang getestet werden. Nach Abschluss der Tests können die Änderungen verworfen oder übernommen werden.

Spiegeln

Die Betriebsart "Spiegeln" funktioniert nach einem anderen Prinzip. Von der zu schützende Originalpartition wird eine lokale Kopie angelegt. Mit dieser Kopie kann bei Bedarf die Originalpartition rekonstruiert werden. Der Zeitaufwand ist deutlich höher als bei den anderen Betriebsarten. 

Speichern von Arbeitsergebnissen

Arbeitsergebnisse können auf einem geschützten Laufwerk nicht dauerhaft gespeichert werden. Dazu dienen deshalb ungeschützte Partitionen oder Speicherbereiche auf dem Server.